In posizione aperta ai piedi dell'Appennino, il centro storico di S.Agata ha le caratteristiche di un nucleo urbano accentrato, mentre il recente sviluppo edilizio si è concentrato a sud verso Scarperia.
Il caseggiato antico è disposto a schiera lungo le due vie principali che partendo dalla piazza di ingresso al paese si diramano a y: via di Montaccianico verso nord e via della Pieve verso ovest.
Le principali emergenze architettoniche sono:
Notevole anche il Ponte romanico a una luce che attraversa il torrente Cornocchio in fondo a via della Pieve. Da notare, subito oltrepassato il ponte, il grande edificio sulla destra denominato "l'opedale" perché almeno fino dalla seconda metà del 1200 era sede dell'Ospedale della Pieve che aveva il compito di accogliere e assistere pellegrini e viandanti che transitavano da S.Agata provenienti dal (o diretti al) Passo dell'Osteria Bruciata sul crinale appenninico. Da questo valico infatti transitava la principale via di collegamento tra Firenze e Bologna per tutto il secolo XIII.